Comme vous pouvez le lire dans le chapitre congés payés dans ce blog et plus particulièrement dans le paragraphe comment calculer et accorder les congés payés :
Le droit aux congés payés ainsi que leur décompte s'effectue en jours ouvrables. Sont considérés comme jours ouvrables tous les jours qui ne sont pas consacrés au repos hebdomadaire légal, reconnus fériés par la loi ou habituellement chômés dans l'établissement. Par jour ouvrable, il faut comprendre chaque jour de la semaine, du lundi au samedi inclus, sauf le dimanche (ou le jour de repos hebdomadaire qui le remplace dans la semaine, selon les établissements) et les jours fériés chômés. Peu importe que le salarié ait deux jours de repos hebdomadaire dans la semaine, on lui décompte 6 jours ouvrables de congés payés.

Cette définition du jour ouvrable ne signifie pas forcément jour travaillé, ce qui oblige à compter au même titre que les autres jours de la semaine les samedis compris dans une période de congé, qu'ils soient ou non chômés dans l'entreprise.

Lorsque le premier jour de congé tombe un samedi, il n'a pas à être comptabilisé. Le point de départ du congé est toujours un jour ouvré (travaillé) dans l'entreprise. En revanche, si le dernier jour de congé tombe un jour ouvrable, non travaillé dans l'entreprise, le congé n'est pas prolongé d'une journée. (Cass. soc. 7 avril 2004).
Ainsi, sauf si le premier jour de congé est un jour ouvrable non travaillé, tous les autres samedis ou lundis de congés, dont les derniers du congé, comptent.
Pour répondre à votre question, il faut donc commencer à compter le 1er jour où cette salariée aurait du travailler, soit le jeudi et les deux jours suivants, avant sa reprise. Ce qui lui fait trois jours de congés payés.