Bonjour,
Si le salarié a été absent tout le mois, il n'y a pas lieu de verser l'indemnité de transport, quel que soit le motif de l'absence (congés payées, sans solde, maternité, etc.) S'il n'a été absent qu'une partie du mois, il a tout de même dû utiliser son titre de transport pour venir travail donc l'indemnité est due.
Cordialement,

La réponse de Virgine est exacte. Je prépare une réponse plus détaillée pour expliquer ce cas.

Dans le cadre du dispositif actuel, de prise en charge obligatoire par l'employeur des frais de transport en commun de ces salariés, l'administration ne s'est pas prononcée sur l'incidence d'une absence du salarié en cours de mois.
En revanche, il convient dans cette situation d'appliquer les règles que préconisait l'administration dans le cadre du dispositif antérieur de prise en charge des frais de transport en région parisienne. En effet, le dispositif actuel n'est que l'extension, à l'ensemble du territoire, de cet ancien dispositif.
Ainsi quel que soit le motif de l'absence (maladie, congés ou autres) la prise en charge doit être effectuée normalement pour les titres d'abonnement qui ont été utilisés au moins une fois pour un trajet domicile travail, sans abattement pour les jours non travaillées.
En cas de maladie prolongée, si le salarié est titulaire d'un titre d'abonnement pluri mensuel, l'employeur est tenu d'effectuer le versement correspondant au mois au cours duquel le congé maladie intervient.
Pour les mois suivants, lorsque le congé maladie se prolonge, des procédures de remboursement des titres sont prévues par les entreprises de transport permettant de récupérer la partie du prix du titre correspondant à la période de validité à venir.