On parle "d'avantage nourriture" quand l'employeur fournit un repas et "d'indemnité compensatrice" quand le repas n'est pas consommé.

Seul l'avantage nourriture qui est consommé par le salarié sera déduit de son salaire net à la fin du bulletin de paie.
Toutefois, l'employeur peut considérer comme consommé - et donc les déduire du salaire net – les repas qu'il met à la disposition du salarié et que celui-ci ne consomme pas pour des raisons personnelles (confession religieuse, régime alimentaire, affaire de goût...).
Par contre, si c'est en raison de l'organisation du travail, et plus précisément, en raison de ses horaires de travail, que le salarié ne peut pas prendre ses repas, l'employeur ne peut pas les considérer comme consommés et ne doit pas les déduire du salaire net imposable (celui qui apparaît en bas de votre fiche de paye après déduction des charges sociales et avant "le net à payer").

Références : article D 141-6 et suivants et Cass.soc. 16.02.1994 (nb : cet arrêt ne concernait pas un salarié des CHR, mais le principe énoncé* est valable de manière générale, donc même pour les salariés des CHR).

* « le salarié qui, pour des raisons personnelles, ne prend pas le repas fourni gratuitement par l’employeur, ne peut prétendre à une compensation ».